소윤(小尹)의 우두머리로 1545년(인종 1) 을사사화를 일으켜 대윤(大尹) 등 반대파를 숙청하고 집권했다.
아버지는 판돈녕부사 윤지임(之任)이다.
중종의 제2계비 문정왕후(文定王后)의 동생이다.
1533년(중종 28) 별시문과에 급제하여
사관(史官)이 되었다.
문정왕후가 경원대군(慶原大君) 환(峘, 뒤의 명종)을
낳자, 형 원로(元老)와 함께 외척으로서 영향력을 키워나갔다.
1537년 당시 실권자였던 김안로(金安老)에 의해 벼슬에서 쫓겨나
유배되었으나,
이해 김안로가 문정왕후의 폐위를 꾀하다가 도리어 죽음을 당하자 풀려났다.
수찬·교리·지평·응교 등을 거쳐,
1543년
성절사(聖節使)로 명나라에 다녀온 뒤 좌부승지·좌승지·공조참판 등을 지냈다. 점차 세력을 얻으면서 중종의 제1계비 장경왕후(章敬王后)의 소생인
세자 호(岵, 뒤의 인종)를 폐하고 조카인 경원대군을 세자에 책봉하려 기도하다가, 세자의 외삼촌 윤임(尹任)과 극렬히 대립했다. 이에
조정은 대윤(大尹, 윤임 일파)과 소윤(小尹, 윤원형 일파)으로 나뉘고
두 외척간의 갈등의 골은 점차 깊어갔다.
1544년 인종의 즉위로 대윤 일파가 정권을 장악하자 대윤의 송인수(宋麟壽)의 탄핵을 받고 삭직당했으나, 인종이 재위 8개월 만에 죽고
명종이 왕위에 오르자 곧 예조참의로 복직했다. 그뒤 문정왕후의 수렴청정을 배경으로 대윤 일파에 대한 대대적인 숙청을 개시했다.
1545년
이기(李芑)·정순붕(鄭順朋) 등과 모의하여, 윤임과 인종 재위 때 다시 중앙관계로 진출한 유관(柳灌)·유인숙(柳仁淑) 등 사림(士林)이
봉성군(鳳城君, 중종의 여덟째 아들)을 왕으로 세우려는 역모를 꾀한다고 하여 이들을 처형했다(을사사화). 이 공으로 보익공신(保翼功臣) 3등이
되고, 이어 위사공신(衛社功臣) 2등으로 개봉(改封)되어 서원군(瑞原君)에 봉해졌다.
1546년(명종 1) 형 원로를 제거하고,
이듬해에는 양재역벽서사건(良才驛壁書事件,
문정왕후의 수렴청정을 비난하는 벽서가 전라도 양재역에 붙은 사건)을 계기로 조정 내의
잔여 반대세력을 숙청함으로써 권력기반을 튼튼히 하는 데 성공했다. 그뒤 문정왕후의 수렴첨정이 계속되는 동안
1548년 이조판서,
1551년
우의정 겸 이조판서 등을 지내며 절대적인 권력을 행사했다.
1553년 명종이 친정(親政)을 하면서 등용한 이량(李樑)·이정빈(李廷賓) 등의
견제를 받았으나,
1557년 영중추부사를 거쳐
이듬해 다시 우의정에 오르고,
1560년 서원부원군(瑞原府院君)에 봉해진 뒤
1563년 영의정에
임명되는 등 여전히 권세를 누렸다.
그러나 집권 20년 만인 1565년 문정왕후가 죽자 양사(兩司)의 탄핵을 받아 관작을 박탈당하고
전리(田里)에 방귀(放歸)되었다.
강음(江陰)에 은거하다가 죽었다.
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